C3 jest ważnym białkowym składnikiem systemu dopełniacza i pełni podstawową rolę w reakcji zapalnej oraz funkcjonowaniu systemu odpornościowego. C3 jest wytwarzany w wątrobie i stąd też obniżona aktywność dopełniacza kojarzona jest z ciężką niewydolnością wątroby. Niedobory C3, nabyte lub o innym pochodzeniu, objawiają się w postaci poważnych powtarzających się infekcji, takich jak infekcje pneumokokowe i meningokokowe, oraz podwyższonego ryzyka wystąpienia toczenia rumieniowatego układowego. Niedobór C3 kojarzony jest również z kłębuszkowym zapaleniem nerek, układowym zapaleniem naczyń i innymi schorzeniami. Podwyższone poziomy C3c w surowicy wskazują na ostre reakcje zapalne i nieleczone stany zapalne, np. reumatoidalne zapalenie stawów.